本中心內設7個科室:其中三個職能科室、三個檢驗科室。三個職能科室分別為人事教育科、辦公室、設備信息科、業務科(質控科);三個檢驗科室分別為有源檢測室、無源檢測室、生物檢測室。
人事教育科:負責人事、人才引進、黨務、工會等工作;
辦公室:財務、文電、會務、機要、宣傳、辦公用品物資采購管理等工作;
設備信息科:負責檢驗儀器設備的采購維保、檢定、校驗、信息化建設、實驗室環境設施建設、政府的招標采購和固定資產管理等工作;實驗室信息管理系統(LIMS)和辦公自動化系統(OA)的日常維護等。
業務科(質控科):負責檢驗樣品受理和管理、檢驗報告打印和發放、與客戶的聯系與溝通、建立質量管理體系、質量控制、檢驗能力的規劃、檢驗資質認定申報、能力驗證和實驗室間比對、檢驗標準及方法的制定、修訂、監督抽驗的管理和協調、抽樣方案的制定和實施、標準資料的采購和管理工作、科研管理、教學活動等工作。
有源檢測室:負責有源醫療器械性能、電氣安全、環境試驗和電磁兼容的檢驗檢測工作,負責該領域的標準化工作。
無源檢測室:負責無源醫療器械檢驗檢測工作,負責該領域的標準化工作。
生物檢測室:負責體外診斷試劑、微生物的檢驗檢測、潔凈室(區)環境檢測和生物相容性評價工作。負責體外診斷試劑的標準化工作。